Peta Genom: Peta Terhebat yang Pernah Ada

 

“Nyatalah. Ini peta terhebat dan terpenting yang pernah dibuat umat manusia.” (Presiden Bill Clinton)

Pada pukul 06.00, 26 Juni 2000 di Gedung Putih, berlangsung sebuah peristiwa penting dalam sejarah perkembangan umat manusia yang telah berjalan selama 100.000 tahun ini. Seorang ilmuwan yang bernama Craig Venter naik ke atas podium dan mengumumkan telah selesainya penyusunan sequence kode genetik manusia. “Untuk pertama kalinya, spesies kita dapat membaca zat-zat kimia penyusun kode genetik manusia,” ujar Craig.

Hasil penemuan ini kemudian dipublikasikan di jurnal bergengsi Science pada 16 Februari 2001. Makalah itu ditulis oleh 283 orang , panjangnya 47 halaman, dan menampilkan peta lipat genom manusia selebar 1,5 m yang berwarna, serta rujukan ke data pelengkap di situs jaringan Science. Keberhasilan para ilmuwan dalam memetakan kode genetik manusia ini merupakan salah satu pencapaian dari sebuah proyek internasional yang bernama Human Genome Project (HGP).

Sebuah proyek raksasa
HGP resmi dimulai pada bulan Oktober 1990. Tujuannya adalah untuk menentukan urutan lengkap dari 3 miliar subunit DNA, mengidentifikasi seluruh gen manusia, membuatnya dapat diakses lebih jauh untuk kepentingan penelitian biologi, dan mempelajari berbagai dampak sosial, etis, bahkan dampak politis yang timbul dari pemetaan yang dilakukan. Sebelumnya para peneliti juga telah memetakan kode genetik dari 24 spesies, dari jenis virus sampai bakteri, tanaman dan serangga, dan kini manusia. Hasilnya memperlihatkan bahwa semua organisme disatukan oleh satu kode genetik yang berlaku umum.

Proyek ini adalah sebuah kerja raksasa karena sekitar 3,5 milyar huruf dalam genom manusia harus dibaca. Jika diandaikan sebuah buku, dan kecepatan rata-rata orang membaca sepuluh huruf adalah satu detik. Maka buku itu akan selesai dibaca dalam sepuluh tahun (tanpa henti) dengan perhitungan bahwa kecepatan sepuluh huruf per detik sama dengan 600 huruf per menit, 36.000 huruf per jam, 864.000 huruf per hari dan 315.360.000 basa per tahun.

Awalnya, proyek ini direncanakan selesai dalam 15 tahun. Akan tetapi, perkembangan teknologi yang pesat membuat proyek ini selesai lebih cepat dari yang direncanakan. Draft pertama selesai pada Juni 2000 dan hasil akhir yang berupa peta genom manusia yang sempurna selesai seluruhnya pada tahun 2003.
Selama 13 tahun tersebut proyek ini berjalan di bawah koordinasi Departemen Energi Amerika Serikat dan Institut Kesehatan Nasional. Lebih dari 15 negara terlibat dalam proyek ini yaitu diantaranya Australia, Brazil, Kanada, China, Denmark, Perancis, Jerman, Israel, Italia, Jepang, Korea, Meksiko, Belanda, Rusia, Swedia, dan Inggris. Inilah upaya ilmiah terorganisasi terpenting yang pernah ada.

Genom manusia
Kata genom berasal dari gene (gen) dan chromosome (kromosom). Genom adalah seluruh DNA yang terdapat pada sebuah organisme, di dalamnya mencakup gen. Gen membawa informasi untuk membuat seluruh protein yang diperlukan untuk aktivitas hidup organisme. Protein ini akan menentukan bagaimana penampilan organisme tersebut, seberapa baik fungsinya dalam metabolisme makanan, bagaimana daya tahannya terhadap infeksi, dan bagaimana organisme tersebut berperilaku.

DNA terbentuk dari 4 zat kimia yang sama (disebut basa dan diberi kode A, T, C, dan G). yang berulang-ulang jutaan atau miliaran kali di dalam genom. Genom manusia, sebagai contoh memiliki 3 miliar pasang basa.

Susunan As, Ts, Cs, dan Gs dalam DNA suatu organisme adalah “cetak biru” organisme tersebut. Susunan itu menentukan seluruh keberagaman kehidupan yang ada di dunia, menentukan apakah suatu organisme itu manusia atau spesies lain seperti jamur, nasi atau buah-buahan. Setiap organisme memiliki susunan genom tersendiri dan inilah fokus proyek genom. Karena seluruh organisme disatukan oleh suatu kode genetik yang berlaku umum, data yang didapat dari genom selain manusia juga memberikan pengetahuan baru tentang genom manusia.

Pada genom manusia, kira-kira 3,5 miliar pasang basa tersusun di dalam kromosom dan masing-masing individu memiliki susunan yang unik. Konsensus memprediksikan terdapat sekitar 20.000-25.000 gen pada tubuh manusia, tetapi tidak semua peneliti genom setuju. Untuk mendapatkan gambaran ukuran genom yang ada pada setiap sel manusia, maka dapat dianalogikan seperti berikut : Jika urutan DNA dari genom manusia disusun dalam suatu buku, maka jumlah buku yang diperlukan untuk menuliskan semuanya akan sama dengan 200 buah buku telepon kota Manhattan yang setiap bukunya berisi 1000 halaman.

Menyimpan seluruh informasi ini adalah tantangan terbesar untuk pakar komputer yang dikenal dengan spesialis bioinformatik. 1 juta basa (disebut megabasa dan disingkat Mb) dari data urutan DNA secara kasar sama dengan 1 megabytes ruang data penyimpanan komputer. Karena genom manusia terdiri dari 3 miliar pasang basa, 3 gigabytes ruang data penyimpanan komputer diperlukan untuk menyimpan data seluruh genom ini. Itu hanya mencakup data nukleotida saja dan tidak termasuk penjelasan dan informasi lain yang menyertainya.

Revolusi pengobatan
Pemetaan kode genetik manusia akan memberikan keuntungan yang fantastis untuk kehidupan manusia, beberapa sudah dapat diperkirakan namun beberapa lagi akan mengejutkan kita semua. Informasi tentang DNA yang lengkap dan mendetail akan menjadi kunci untuk memahami struktur, organisasi, dan fungsi DNA dalam kromosom. Peta genom dari organisme lain pun telah menyediakan informasi tentang sistem biologis yang kompleks. Pengumpulan informasi dan pengembangan teknologi ini akan membawa revolusi terhadap eksplorasi dunia biologi di masa depan serta dapat diaplikasikan untuk kepentingan pelayanan kesehatan, pertanian, produksi energi, dan perbaikan lingkungan.

Salah satu bidang yang akan turut sangat berkembang pesat adalah dunia kedokteran. Pengetahuan mengenai efek variasi DNA pada individu dapat membawa perubahan pada cara mendiagnosis, mengobati, serta mencegah kelainan yang ditimbulkan oleh kelainan gen. Banyak orang memiliki gen yang tidak sempurna dalam tubuhnya. Namun gen tersebut baru menimbulkan efek ketika berinteraksi dengan faktor lingkungan dan cara hidup tertentu. Sekitar 2.000-5.000 kelainan gen diduga menimbulkan penyakit. Termasuk penyakit-penyakit yang banyak diderita saat ini seperti diabetes, jantung koroner, hipertensi, trombosis vena, arthritis, dan kanker. Namun karena belum jelas berapa banyak gen yang terlibat, proses penanganannya belum efektif dan efisien.

Identifikasi gen dan hubungannya dengan penyakit atau kelainan tertentu akan mempercepat dan mengefisienkan proses penanganannya. Apabila hal ini telah dapat dipahami sepenuhnya, maka cara pengobatan tidak lagi bersifat trial and error. Sejak 1990-an telah ditemukan 500-an target biologis yang menjadi sasaran obat. Dengan pemetaan genom, 500 target biologis lainnya akan menyusul. Disamping itu, penemuan gen penyebab penyakit membuka peluang ditemukannya penyembuhan penyakit lewat terapi gen. Metode terapi gen atau transfer gen cukup memberi harapan untuk penanganan penyakit yang belum ditemukan obatnya seperti kanker dan AIDS. Caranya adalah mengganti atau menyuntikkan tambahan gen untuk merangsang kekebalan. Teknologi ini ternyata juga dikembangkan untuk memproduksi protein manusia dalam jumlah besar bagi kepentingan farmasi, serta merekayasa organ-organ hewan agar menyerupai organ manusia untuk kepentingan transplantasi. Caranya adalah mentransfer gen manusia ke hewan.

Beberapa tahun terakhir, para ilmuwan mengatakan bahwa tantangan terbesar bagi dunia kedokteran abad ini yaitu menguraikan hubungan gen, faktor lingkungan, berbagai jenis penyakit, dan respons tubuh terhadap pengobatan. Dengan kemajuan dalam analisis genom, semua tantangan tersebut akan dapat dijawab dalam waktu dekat.


Sumber :
1. Intisari Juni 2008
2. http://www.freemedicaljournals.com
3. http://www.genetics.org/contents-by-date.0.shtml
4.http://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/bv.fcgi?call=bv.View..ShowSection&rid=gnd.preface.91
5. http://www.ornl.gov/sci/techresources/Human_Genome/home.shtml 

Diambil sesuai aslinya: http://myhealing.wordpress.com/2008/07/05/peta-genom-peta-terhebat-yang-pernah-ada/

Baca Selengkapnya →

Format File Ebook

Sebagai akademisi yang sering berhubungan dengan pencarian data melalui internet, pastinya pernah atau bahkan sering berurusan dengan Ebook (electronic book, buku elektronik). Berbeda dengan aplikasi pengolah kata seperti Microsoft Office, OpenOffice, dan sebagainya dengan berbagai output format file seperti DOC, PPT, ODT, dll, format file Ebook lazimnya tidak bisa diedit langsung dari aplikasi pembaca (reader). Beberapa format file yang umum dipakai untuk Ebook misalnya PDF, LIT, EPUB, PDB, dan sebagainya. Tampilan file berformat PDF dan semacamnya yang lazim untuk Ebook, biasanya lebih memanjakan mata pembacanya dibandingkan dengan format file pengolah kata.

Berikut link download beberapa software pembaca ebook versi gratis. Software gratisan ini berasal dari beberapa alamat situs/blog, dan khusus PDF reader, link berasal langsung dari situs pembuatnya. Klik pada nama aplikasi untuk memulai proses pengunduhannya.

- PDB maker (252 kb)
- Ereader/ PDB Viewer (3.53 MB)
- LIT Maker Pembuat ebook LIT
- LIT Reader Pembaca ebook LIT (3.48 MB)
- CHM Maker Pembuat ebook CHM (27.3 MB)
- PDF Maker (add on MS Office 2007/2010)
- PDF Reader di sini
- DJVU Maker Pembuat ebook DJVU (4.94 MB)
- DJVU Reader Pembaca ebook DJVU (7.71 MB)
- EPUB Creator Pembuat ebook bertipe epub
- Epub Reader Membaca ebook Epub (4.88 MB)

Tentu saja, sebagaimana buku cetak, kita bisa saja mengutip sebagian atau seluruh isi Ebook, dengan memindahkan (meng-copy atau mengkonversi) ebook ke aplikasi pengolah kata terlebih dahulu. Banyak software yang bisa diandalkan untuk mengkonversi baik dari format file umum Ebook ke format pengolah kata atau sebaliknya. Atau, apabila secara manual, ya tinggal diblog dan dicopy kalimat yang kita kehendaki dari PDF misalnya, lalu kita paste ke aplikasi pengolah kata.

Catatan:
Tulisan sederhana ini saya maksudkan untuk membantu pembaca-pemula yang mungkin bertemu format file suatu ebook yang dikehendaki, namun belum memiliki atau mungkin belum paham cara membuka dan membacanya. Apabila ada kesulitan, silakan isi komentar di bawah...

Baca Selengkapnya →Format File Ebook

Belajar dari Setan: Operasionalisasi Fungsi Ilmu

Rasa ingin tahu (curiousities) dan kebutuhan hidup (needs), adalah dua "pemantik" pengetahuan manusia (rasional maupun irasional), hingga nyalanya mencapai tahap radikal: di satu sisi nyala itu menerangi kita, namun efek kobarannya juga mampu membumihanguskan peradaban manusia! Pengetahuan manusia banyak ragamnya, mulai dari pengetahuan sehari-hari, pengetahuan agama, pengetahuan filsafat, pengetahuan seni, dan sebagainya. Salah satu jenis pengetahuan yang "dikultuskan" pada zaman ini adalah pengetahuan ilmiah atau yang bisa kita sebut ilmu pengetahuan (atau ilmu begitu saja). Ilmu apapun jenisnya, baik dari golongan ilmu-ilmu kealaman (IPA) maupun ilmu-ilmu sosial dan humaniora, membawa manusia hingga sampai ke tahap "be co-creator of God" (teman Tuhan dalam mencipta), yang sekaligus menunjukkan juga potensi ilmu untuk menggugat eksistensi manusia di hadapan dirinya sendiri, alam, dan Tuhan. "Pengetahuan adalah kekuasaan", kata Francis Bacon. Pemetaan dan rekayasa genetika, nano technology, dan nuklir adalah tiga tema utama ilmu hari ini yang menunjukkan kuasa ilmu. Inilah kenapa Promotheus dihukum Dewa karena membuka kotak yang isinya sesuatu yang amat berbahaya bagi kedudukan Dewa jika sampai diketahui manusia: ilmu.

Tulisan ini tidak hendak serius mengeksplorasi filsafat ilmu dalam wacana eksistensi manusia itu, namun menawarkan refleksi ringan dengannya wawasan pengetahuan terlenturkan. Laju pengetahuan individual manusia bersamaan dengan rasa ingin tahu dan kebutuhan, tentu memerlukan piranti pengolah bahan mentah pengetahuan untuk diolah sesuai pakem pengetahuan yang pas. Piranti yang saya maksud bisa dalam bentuk rasio (2+3=5), indera (api itu panas), "kata mereka" (dia itu ibuku), agama (adanya neraka), dan sebagainya. Sedangkan bahan mentah itu unlimited dalam hal objek dan kemungkinan sampai ke tangan kita untuk diolah. Bisa saja berupa tulisan blog sebagaimana yang saya tulis ini, bisa dengan tadabbur, memikirkan kemenjadian semesta saat di pegunungan, atau bahkan berupa percikan ide saat melihat apel jatuh dari pohon sebagaimana dialami Newton yang membuahkan eksposisi gaya gravitasinya yang menjagad.

Belajar dari Setan

Fungsi ilmu bisa diidentifikasi dalam tiga hal: (a) fungsi penjelasan: memberikan gambaran atau penjelasan suatu objek pengetahuan; (b) fungsi peramalan: memprediksikan akibat jika suatu hal atau kejadian berlangsung di masa depan; (c) fungsi pengendalian: membekali kita dengan seperangkat pengetahuan untuk mengendalikan (mencegah, mengantisipasi) suatu hal atau kejadian sehingga tidak merugikan kita. Ketiga fungsi ini tidak harus dimaknai secara ketat dalam koridor ilmu-ilmu positif yang dipelopori Auguste Comte si Bapak Sosiologi, namun bisa kita maknai secara individual dan unik. Hal ini berarti mampunya kita mengoperasionalisasi fungsi-fungsi ilmu itu dengan diandaikan kita sudah "mengenal apa, bagaimana, dan kemana-nya kita" (kata "kita" dalam tulisan ini tidak dibatasi pada subjek-subjek individual unik, namun bisa mencakup subjek non-individual seperti komunitas ilmuwan atau lembaga tertentu). Salah satu contoh operasionalisasi ketiga fungsi ini adalah belajar dari setan.

Dalam rangka memperoleh pengetahuan (rasional, emosional, spiritual), sebagaimana penjelasan saya di atas, kita bisa belajar dari mana saja untuk memperoleh sebanyak mungkin manfaat positip, dan menjauhi hal-hal negatif. Setan kita kenal dari agama, dan hal-hal buruk dilekatkan padanya. Tentu iman kita mengafirmasi keburukan itu. Bagaimanapun dalam konteks pengetahuan, bahan mentah bisa dari apa saja. "Carilah hikmah walau dari pengemis", demikian kalimat terkenal dalam suatu agama. Artinya, setan pun tidak hanya membawa keburukan (meskipun setannya sendiri buruk), persepsi kreatif manusia sesungguhnya mampu menarik hal positif dari yang negatif. Bukankah kita menjadi lebih berhati-hati (menarik hal positif), dari dua kasus pembuangan mayat di Unesa akhir april 2012 ini (hal negatif)?


Operasionalisasi ketiga fungsi ilmu (penjelasan, peramalan, pengendalian) dengan belajar dari setan bisa lebih mudah dicerna jika kita memang sebelumnya sudah mengenal "siapa itu setan" (fungsi penjelasan), sehingga kita mampu meramalkan apa yang akan terjadi pada kita jika melawan atau mengikutinya (fungsi peramalan), dan dengan itu kita menyadari sepenuhnya bagaimana dengan penjelasan dan prediksi itu kita harus mengendalikan diri kita agar terhindar dari kerugian atau sebailknya, mengendalikan diri kita agar memperoleh keuntungan darinya. Berikut ini 7 sifat setan yang kita kenal dari agama itu, yang bisa kita ambil hikmah positipnya:

1. Pantang menyerah
Setan tidak akan pernah menyerah selama keinginannya untuk menggoda manusia belum tercapai. Sedangkan manusia banyak yang mudah menyerah dan malah sering mengeluh dalam menggapai sesuatu.

2. Kreatif
Setan akan mencari cara apapun dan bagaimanapun untuk menggoda manusia agar tujuannya tercapai, selalu kreatif dan penuh ide. Sedangkan manusia ingin enaknya saja, banyak yang malas. Kebanyakan dari manusia selalu ingin mendapatkan mendapatkan sesuatu dengan cara yang instan, padahal cara instan tersebut bisa merugikan orang lain. Yang Haram dianggap menjadi hal yang wajar(Halal)

3. Konsisten
Setan dari mulai diciptakan tetap konsisten pada pekerjaannya, tak pernah mengeluh dan berputus asa. Sedangkan manusia banyak yang mengeluhkan pekerjaannya, padahal banyak manusia lain yang masih nganggur dan membutuhkan pekerjaan.

4. Solider
Sesama setan tidak pernah saling menyakiti, bahkan selalu bekerjasama untuk menggoda manusia. Sedangkan manusia, jangankan peduli terhadap sesama, kebanyakan malah saling bermusuhan, membunuh dan menyakiti.

5. Jenius
Setan itu paling pintar otaknya dalam mencari cara agar manusia tergoda. Sedangkan manusia banyak yang tidak kreatif, bahkan banyak yang jadi peniru dan plagiat, tidak mau menciptakan ide-ide baru.

6. Tanpa Pamrih
Setan itu bekerja 24 Jam tanpa mengharapkan imbalan apapun. Sedangkan manusia, tidak dibayar tidak akan dilakukan. Materi seharusnya bukanlah hal yang terpenting dalam hidup ini! Harusnya kita saling membantu kepada sesama umat manusia.

7. Suka berteman dan kompak
Setan adalah mahluk yang selalu ingin berteman, berteman agar banyak temannya di neraka kelak. Sedangkan manusia banyak yang lebih memilih mementingkan diri-sendiri dan egois. Manusia dalam mengerjakan sesuatu cenderung ingin menonjolkan kemampuannya sendiri dibanding bekerja sama dengan orang lain.

Penutup

Refleksi ringan ini saya tulis tidak dengan motif agama, namun dorongan kreativitas ilmu. Dunia membutuhkan tidak hanya orang pandai, namun juga orang kreatif. Kreativitas, salah satunya bisa dimunculkan dengan berpikir "out of the box", nakal, bahkan gila-gilaan. Daya kreativitas inilah yang memampukan fungsi-fungsi ilmu mampu beroperasi secara tanggap jaman (visioner). Semoga bermanfaat.

Ref.: http://www.revolmedia.us/2011/08/ternyata-setan-juga-punya-sifat-positif.html

Baca Selengkapnya →Belajar dari Setan: Operasionalisasi Fungsi Ilmu